强化对生态系统的保护，必须理顺管理机制。湿地保护法明确，“国务院林业草原主管部门负责湿地资源的监督管理”“国务院自然资源、水行政、住房城乡建设、生态环境、农业农村等其他有关部门，按照职责分工承担湿地保护、修复、管理有关工作”。
“这些规定一方面充分尊重现有的与湿地保护相关的行政管理实践，另一方面明确了林草部门牵头、其他有关部门按职责分工负责的管理体制，以及信息共享机制，这为湿地协同保护提供了法律依据。”中国政法大学环境资源法研究所所长于文轩表示。
为更好保护管理湿地，湿地保护法将湿地分为重要湿地和一般湿地，实行分级管理及名录制度。
“按照湿地生态区位以及维护生态功能、生物多样性的重要程度，实行分级管理，重要湿地划入生态保护红线，厘清了各级、各类湿地间的关系，并明确了名录制度这一基本管理手段，有利于对重要湿地的保护管理。”武海涛说。
湿地保护法的一大亮点在于，对泥炭沼泽和红树林湿地进行了专门条款的规定。
根据2018年《全球湿地展望》，全球大部分土壤碳库都位于湿地中，泥炭沼泽是强大的碳汇，是所有生态系统中最大的长期碳存储地。泥炭沼泽占地球陆地地表面积的3%，但其碳储量可达全世界森林的2倍。“泥炭沼泽有机碳储量大、密度高，单位面积碳储量在各类陆地生态系统中最高，在调节区域环境、缓解全球气候变化方面具有重要作用。”吴志民表示。
红树林是热带亚热带海岸带海陆交错区生产能力最高的湿地生态系统，在净化海水、防风消浪、维持生物多样性、固碳储碳等方面发挥着极为重要的作用。“保护好红树林湿地，对海岸防护将起到重要作用，还可有效缓解温室效应等。”武海涛表示。
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